牧靈諮商碩士班」是小組長以上的牧養同工在職進修的大好機會，藉由與聖靈同工，訓練人整合心理諮商、內在醫治、屬靈操練之專業能力，並運用聖經、禱告、教會生活等屬靈資源，助人達到心靈健康之恢復工程。以提升教會牧區的牧養果效，並能主動關懷社會上有需要的人，達到『服務』與『福音』的雙重果效。
一. 末世處處災難多
主耶穌在2千多年前對末世的徵兆與預言，正一步步的實現。路加福音二十一章提到：因地大大震動，多處有飢荒、瘟疫---，災難常態化使許多國家活在困苦中，百姓聽到海中波浪的響聲，心中惶惶不安，甚至嚇的魂不附體。根據研究資料顯示，全球天災地變發生的頻率：2009是2008年的14.5倍；2010年是2009年的27.5倍。，面對日愈加劇的自然災難，媒體在報導救災行動時，常會加上一句話：「救援物資雖已足夠，心靈安慰、心靈重建的資源卻極度缺乏」。台灣處於太平洋火山環帶和颱風好發區，是世界公認的災難指標國。面對隨時可能發生的巨變，我們除了要做好防災、避災、救災的宣導與演練外，也需要預備好災後心靈創傷關懷的團隊，才能面對災後心靈重建的廣大需求。使心中充滿驚嚇和哀慟的災民，能走出災難的憂傷，經歷神的愛與醫治。這也是牧靈諮商科系成立的目標之一。
二. 末世心靈需求大
主耶穌的末世預言也提到有許多假先知要起來，迷惑眾人。(太二十四11,24)這代表了人類科技文明的進步，只能滿足人物質的需求，卻不能滿足人心靈上的飢渴。根據去年台灣基督信仰民調報告，非信徒期待教會所提供的服務項目中，「心靈輔導」高居第二位。這也是為什麼末世新興宗教特別多及新紀元運動能盛行全球的原因。坊間許多心靈成長團體都趁勢而起，在社區和業界開一系列的心靈講座、心靈成長班，雖然價錢貴的嚇人，仍有許多人趨之若鶩。教會擁有心靈最大的資源－創造萬人之靈的獨一真神及長達2千年的靈修經驗，是最有資格帶領人探索內在靈性之旅的群體。焉知我們得了這樣的位分，不是為了現今末世的機會嗎？如果我們忽略或放棄這個機會，許多人就會活在世俗心理學和其他宗教的迷惑中，離救恩愈來愈遠。牧靈諮商科系的設立，正是為了奪回這片原屬於上帝的屬靈天空。
三. 末世牧養面向多
「主耶穌走遍各城各鄉看見許多的人，就憐憫他們，因為他們困苦流離，如同羊沒有牧人一般」(太九35-36)。從末世的角度看牧養，由於家庭結構和社會環境有很大的改變，牧養的面向比以前更複雜許多。離婚、再婚、單親、家暴、性氾濫、不婚、少子化、外配、人口變化、罕見疾病、精神疾病、高失業率、過勞、壓力症候群，凡此種種都凸顯出要牧養末世群羊需更多的裝備訓練，才能面對層出無窮的生命議題，使群羊在人生的困境和高壓的環境中，得著更好的牧養。牧靈諮商科系的取名就是強調多面向地訓練牧養靈魂的技能。
以下簡單介紹這個新科系的特色、宗旨與目標：
特色與宗旨
藉由與聖靈同工，訓練人整合心理諮商、內在醫治、屬靈操練之專業能力，並運用聖經、禱告、教會生活等屬靈資源，助人達到心靈健康之恢復工程。以提升教會牧區的牧養果效，並能主動關懷社會上有需要的人，達到『服務』與『福音』的雙重果效。
本系目標
提升、培育現職傳道人或現任小組長以上牧養同工，具備下列能力：
1.救災救難救傷心人－培育服務特殊族群事工的能力：
著重培育危機輔導、悲傷輔導、兒童創傷、遊戲治療等專業能力，以協助遭遇災難、喪慟、癌症、罕見疾病者面對死亡與失落，靠主有正向因應環境的能力。
2.奪回屬靈的天空－培育帶領成長團體的能力：
著重具備自我探索與心靈輔導的能力，能夠在社區或教會帶領成長團體，開展接觸社會大眾的機會，滿足人們心靈的需求，把人帶到主面前。
3.教會開前門也關後門－提升牧養關懷的能力：
著重助人技巧的學習，能夠有效處理被牧養者的各種生命議題與困境。
「牧靈諮商碩士班」希望能幫助教會：一方面「開前門」－開展接觸社會大眾的機會；另一方「關「後門」－提昇牧養能力，使進教會者不易流失，能有效地被關懷牧養，並得到全人的醫治，活出神原創的丰采。
「牧靈諮商碩士班」是小組長以上的牧養同工在職進修的大好機會，如此訓練將帶出極長遠的屬靈影響力，並帶來教會的更新和社會的翻轉！